Her canlı yaşamını sürdürebilmek için dış etkilerden korunmak zorundadır. Mikroorganizmalarda birer canlı olduklarından bu kurama uymuşlar, kendilerini yok etme niteliğinde olan antibiyotiklere direnç mekanizmalarını geliştirmeye başlamışlardır. Bakterilerdeki rezistans üç biçimde belirir :

1. Bazı bakterilerde belirli antibiyotiklere karşı doğal bir direnç vardır. Örneğin gram negatif bakterileri penisilin, ve diğer birçok bakterileri, antimikotik preparatlar doğal olarak etkileyemezler.

2. Önceden duyarlı olan bakteriler, antibiyotiklerle karşılaştıkça kendilerini koruma mekanizması oluştururlar. Bu da hızlı ve yavaş olmak üzere iki aşamada belirir. Hızlı direnç kazanan bakterilere koch basili bir örnektir, iki üç kez streptomisin ile karşılaşan basilde ilaç etkisiz duruma geçer. Hızlı direnç oluşturan antibiyotikler arasında linkomisin, rifamisin, spektinomisin, pirazinamid örnek olarak gösterilebilir. Bakterilerin en geç rezistans kazandıkları antibiyotikler örneğin anfoterisin B, nistatin, ristosetin vankomisin vb. gibi antibiyotiklerdir.

3. Rezistans oluşumunda en önemli olgulardan biri de, bu niteliğin taşınması (bulaşıcı rezistans) dır. Dirençli bir bakterinin bu özelliği genetik olarak kromozomlarla veya kromozom dışı diğer bakterilere geçebilir. Bulaşıcı rezistans üç şekilde geçer : a)transformasyon: Parçalanan, eriyen donör hücrelerinin DNA’sı alıcı hücreye girer. Gelişmekte olan bakterinin DNA’sı da direnme niteliği kazanır. Bu taşınma DNA moleküllerinin tümüyle olmayıp fragmanlar şeklindedir. b)transdüksüyon: Büyük veya küçük gen parçaları fajlar aracılığı ile üremekte olan bakterilere geçirirler. Bu fajların kapsadıkları dirençli nükleik asitler bakterinin ana maddeleri arasında yer alır. c)Konjugasyon: Bakterinin üremesinde yer alan seksüel alış veriş sonucudur. Geni oluşturan maddeler bir hücreden diğerine, plazma bağlantılarıyla transfer edilir.

Enfeksiyon hastalıklarında antibiyotiklere karşı rezistans görülmesi:

1. Bakterilere etkin olan maddeyi inaktive eden veya parçalayan enzimlerin oluşumu,
2. Aktif taşıma mekanizmasındaki bir blokaj veya membran perneabilitesindeki değişiklikler,
3. Antagonist sentezin artması,
4. Bakterinin metabolizmasındaki değişiklikler başta gelen faktörlerdir. Bakterilerde belirli bir antibiyotiğe karşı olan direnç, kimyasal yapı benzerliği ve etki mekanizması eşit bulunan başka antibiyotiklere karşı da oluşur.