Çölyak hastalığı; bağırsaklardaki sindirimi sağlayan villus denilen yapıların bozulmasına sebep olan ve dolayısıyla da yiyeceklerdeki besinin emilmesini engelleyen ve ince bağırsakta hasarlar oluşturan bir sindirim hastalığıdır.

Çölyak hastası olan kişiler buğdayda arpada çavdarda ve yulafta bulunan ve gluten olarak adlandırılan bir proteine tahammül edememektedir.

Çölyaklı hastalargluten içeren yiyecekler yediklerinde, onların bağışıklık sistemleri bunu ince bağırsaklara zarar vererek yanıtlar. Özellikle çok küçük ve parmak şekline benzeyen villus olarak adlandırılan ince bağırsaktaki emilimi sağlayan yapılar kaybolur(düzleşir ve görevini yapamaz hale gelir.)

Yiyeceklerdeki besinler buvillus|villuslardan geçerek kan dolaşımı içine emilirler. Villuslar olmadan kişi; her ne kadar yiyecek yerse yesin; beslenemez.

Vücudun kendi bağışıklık sistemine zarar vermesinden dolayı çölyak hastalığının oto-immün sistem rahatsızlığı olarak düşünülmektedir. Bununla birlikte, yiyeceklerin emilememesinden dolayı sindirim rahatsızlığı olarak da sınıflandırılabilmektedir.

Hastalık ayrıca glutenentropatisi, celiac disease, celiac sprue, nontropical sprue ve gluten sensitive entropathy olarak da bilinmektedir.

Çölyak hastalığıgenetik bir hastalıktır,yani ailevi kalıtım söz konusudur. Bazen hastalık bir ameliyat, çocuk doğumu, hamilelik, viral enfeksiyon ya da şiddetli duygusal stresten sonra tetiklenebildigi gibi ilk seferde de aktif olabilir. Hastalık yaşamının her hangi bölümünde ortaya çıkabilmektedir. Çölyak kimi kişilerdeçocukluk, kimilerindeergenlik, kimilerinde ise orta yaş grubunda ortaya çıkabilmektedir.